La de Funes es la primera disculpa formal de un presidente salvadoreño desde el final de la guerra, en 1992.
"Reconozco públicamente la responsabilidad del Estado ante esos hechos, tanto por acción como por omisión, puesto que era y es obligación del Estado proteger a sus ciudadanos y garantizar sus derechos humanos", dijo Funes durante un evento que conmemoró el aniversario del fin de la contienda.
Según dijo, las autoridades de derecha, que apoyaron la llamada Fuerza Armada de El Salvador, cometieron graves abusos de los Derechos Humanos, sobre todo contra civiles, y violaron el orden constitucional del país.
"Por todo lo anterior, en nombre del Estado salvadoreño, pido perdón", agregó el mandatario, al frente del partido del Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN).
"Sanar heridas"
Según el presidente, su disculpa busca "dignificar a las víctimas".
Esta disculpa, agregó, debería servir para "dignificar a las víctimas" y contribuir a "sanar sus heridas y las de todo el país".
Como explicó el periodista de la BBC Emilio San Pedro, las palabras de Funes fueron muy bien recibidas por las familias de los muertos.
"Lo estábamos esperando con ansias, esto es por lo que veníamos luchando por años. Queremos agradecerle al gobierno por la valentía de pedir perdón, reconocer los errores y abrir el camino para conocer la verdad", le dijo a la agencia Reuters Guadalupe Mejía, de 72 años, quien perdió a su esposo, a su hermano y a siete familiares más durante el conflicto.
Sin embargo, agregó San Pedro, muchos podrían criticar al presidente por no perdir perdón por los abusos cometidos por los rebeldes del FMLN durante la guerra.
El largo conflicto armado en El Salvador (1980-1992) dejó, 8.000 desaparecidos, 12.000 lisiados y más de medio millón de desplazados, según organismos humanitarios.
La guerra finalizó mediante la firma de un acuerdo de paz entre el ex presidente Alfredo Cristiani, del partido ARENA, y la dirigencia del FMLN en 1992. Desde 1994 y hasta la llegada a la presidencia de Funes, el Frente había intentado sin éxito llegar al poder.